Τα υγρά απόβλητα των ελαιοτριβείων αποτελούν έναν σημαντικό παράγοντα ρύπανσης του περιβάλλοντος, κυρίως λόγω του υψηλού οργανικού τους φορτίου, το οποίο δεν βιοαποδομείται εύκολα και οδηγεί στην εμφάνιση βιοτοξικών φαινομένων και την υποβάθμιση του φυσικού περιβάλλοντος.Με έγγραφο του υπουργού Αγροτικής Ανάπτυξης, Κώστα Σκανδαλίδη, αναφορικά με τη διαχείριση των αποβλήτων ελαιοτριβείων, το οποίο διαβιβάστηκε στη Βουλή, σημειώνεται ότι τα περισσότερα ελαιουργεία, τα οποία στην πλειοψηφία τους είναι επιχειρήσεις μικρής κλίμακας, δεν μπορούν να αντέξουν το κόστος εγκατάστασης μεθόδου διαχείρισης των αποβλήτων. Προκειμένου λοιπόν να ξεπεραστούν τα εμπόδια, οικονομικά και χωροτακτικά, η όποια μέθοδος επιλεγεί θα πρέπει να εφαρμοστεί επί το πλείστον συλλογικά, με κεντρική επεξεργασία των υγρών αποβλήτων, όπου αυτό είναι δυνατό. Έτσι θα επιτυγχάνεται η επιλογή της καταλληλότερης περιβαλλοντικά μεθόδου, με σημαντικά οικονομικότερο τρόπο, και προς το σκοπό αυτό ο υπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης έχει χαρακτηρίσει πολύ σημαντικό τον ρόλο των τοπικών αυτοδιοικήσεων, για τη δημιουργία τέτοιων μονάδων αλλά και επιπλέον μονάδων που θα δίνουν πρόσθετη αξία στα υποπροϊόντα.Στο πλαίσιο του Προγράμματος Αγροτικής Ανάπτυξης 2007-2013 "Αλέξανδρος Μπαλτατζής", μέσω του Μέτρου "Αύξηση της αξίας των αγροτικών προϊόντων", προωθούνται δράσεις για τα ελαιοτριβεία. Επιλέξιμες δαπάνες θεωρούνται ειδικότερα η ίδρυση ελαιοτριβείων αποκλειστικά και μόνο σε ορεινές και νησιωτικές περιοχές από βιολογική πρώτη ύλη, ο εκσυγχρονισμός, με ή χωρίς μετεγκατάσταση, ελαιοτριβείων χωρίς αύξηση της δυναμικότητας, με προτεραιότητα σε αυτά που επεξεργάζονται βιολογική πρώτη ύλη, και οι συγχωνεύσεις ελαιοτριβείων με δυναμικότητα ανάλογη των συγχωνευθέντων.
Όπως διευκρινίζει ο κ. Σκανδαλίδης, στα παραπάνω επενδυτικά σχέδια επιλέξιμη δαπάνη αποτελεί και η εγκατάσταση βιολογικού καθαρισμού (επεξεργασία αποβλήτων), όχι ως μεμονωμένη δράση αλλά ως τμήμα της συνολικής επένδυσης.
Σε ό,τι αφορά στη λειτουργία των υφιστάμενων ελαιοτριβείων, το υπουργείο κατά την προηγούμενη προγραμματική περίοδο, έχει ενισχύσει τον εκσυγχρονισμό και τη μετεγκατάσταση τους, δίνοντας έμφαση στη βιολογική επεξεργασία των αποβλήτων τους.
